وعلى خلاف المستشفيات الأخرى، يُعد مستشفى الشيخ خليفة التخصصي مستشفى للرعاية التخصصية من المستوى الثالث، ومتخصصًا بدرجة عالية في مجالات طبية محددة، ويضم مراكز للتميز. ولتوفير خدمات ورعاية صحية عالية الجودة بأعلى قدر من الكفاءة، قام المستشفى بإنشاء نظامًا للإحالة.

تبلغ الطاقة الاستيعابية للمستشفى 246 سريرًا لرعاية المرضى المقيمين، بالإضافة إلى عدد من عيادات مرضى العيادات الخارجية التي تعمل خلال أيام الأسبوع. وقد افتتح المستشفى سبعة عنابر عامة: ثلاثة عنابر للرجال، وثلاثة عنابر للنساء، وعنبر مختلط، بالإضافة إلى جناح لكبار الشخصيات. وتشمل العنابر الإضافية ثلاث وحدات للعناية المركزة: وحدة العناية المركزة للقلب وتضم 10 أسرّة، ووحدة العناية المركزة الطبية وتضم 20 سريرًا.

يضم قسم العمليات 10 غرف عمليات واسعة ومجهزة بتصميمات متطورة، بالإضافة إلى وحدة للتعافي بعد العمليات تضم 49 سريرًا. كما توجد غرفة مزودة بتقنية التصوير بالرنين المغناطيسي تتيح إجراء عمليات جراحية متقدمة، وتساعد في الإجراءات الخاصة بعلاج الأورام بالإشعاع. ويضم قسم العمليات كذلك وحدة للعلاج الإشعاعي الموضعي، مجهزة بجدران كاملة الحماية من الإشعاع وغرفة تحكم يمكن استخدامها كجناح طبي هجين.

يوفر قسم الطوارئ رعاية فعالة وسريعة ومنهجية لحالات أمراض الأوعية الدموية الدماغية وأمراض القلب.

ويتولى مستشفى جامعة سيول الوطنية حاليًا إدارة المستشفى.